最全面的蛋白质互作数据库,你了解多少?


导语

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STRING储存已知和预测的蛋白质-蛋白质互作信息数据库。

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数据库介绍



发现和注释细胞中功能蛋白的相互作用对系统学习和理解细胞的功能起着重要作用。近年来,通过实验证明和计算机技术预测,产生了大量的蛋白质相互作用信息。

STRING作为一个全面的蛋白质互作数据库,数据库整合了实验证实的蛋白质-蛋白质相互作用关系(文本挖掘)、基因组特征计算的相互作用关系和基于直系同源物种模型转移的相互作用关系。STRING在数据库中,所有蛋白质相互作用的数据都被加权和整合,并且通过计算获得的可靠值STRING网页访问数据库可以快速获得我们想要的蛋白质互作关系。

在研究中,我们可以通过分析蛋白质互作网络来找到网络中的关键基因!在许多蛋白质互作数据库中,STRING在最新的数据库中,覆盖物种最多,信息最全面11.0b在版本中,它包含了来自5090个物种的3、123、056和667 蛋白质之间的关系。

数据库链接:https://www.string-db.org/

使用数据库



首先进入STRING数据库主页,界面非常简单,点击Search进入查询界面,输入我们的目标蛋白质和相应物种。如果输入一个蛋白质名称(或序列),则输出与蛋白质相互作用的所有蛋白质的相互作用图。一次输入多个蛋白质名称(或序列),只输出这些蛋白质之间的相互作用网络图。


01输入目标蛋白

使用我们的例子METTL3以基因为输入,选择物种为输入Homo sapiens,点击SEARCH。


点击continue,就可以得到输出的蛋白质互作网络图了!


02节点和边信息
节点代表一种蛋白质,蛋白质中的螺旋代表已知的蛋白质结构,如果蛋白质结构未知,圆圈是空的。节点之间的连接代表了两种蛋白质之间的相互关系evidence在线下,根据连接的不同颜色,两种蛋白质之间的相互关系有不同的类型,包括实验证实、基因同源关联、共同表达等。

在Settings在选项中,可以调整网络线型confidence,点击UPDATE,在网络中发现edge不同于发生了变化evidence各种颜色的线,只有一条黑线,线的颜色深度不同,代表了蛋白质之间的相关性。

edge来源主要包括实验数据、文本挖掘数据、数据库数据、基因邻接、基因融合、基因共表达七部分。STRING利用打分机制对不同方法得来的结果给予一定的权重,最终给出一个综合得分。我们可以根据我们的目的不同,对这些来源进行筛选,或者对于相关得分进行筛选,从而得到我们所需要的蛋白质关系对。


03富集分析
在获得蛋白质互作网络的同时,STRING它还为我们提供了蛋白质互作网络中的蛋白质GO和KEGG富集分析功能。Analysis您可以查看富集分析的结果。

在最下方的Save/Exports选项中,我们可以对富集分析的结果分别下载输出。


04聚类分析
在Clusters数据库提供界面K-means和MCL两种聚类方法,聚类蛋白质互作网络中的蛋白质,选择一种方法,点击APPLY,蛋白质节点在网络中的颜色代表蛋白质的分类。


05网络和精简网络
如果网络不够全面或太复杂,我们可以通过它More或Less选项扩展或简化当前网络。


06网络的输出
在Exports界面可以将蛋白质作为网络输出到图片格式(PNG),或以表格信息的格式输出cytoscape进一步分析等工具。

Download:为方便用户,STRING数据库为我们提供了数据下载功能Download在选项中下载全面的蛋白质互作信息,使网络信息更加个性化。

小编总结



作为最全面的蛋白质互作数据库,STRING数据库可以构建蛋白质-蛋白质相互作用网络,预测潜在的蛋白质相互作用网络,为研究提供新的方向。在科学研究的早期阶段,目标蛋白的功能相互作用蛋白的快速获取,特别是蛋白质,STRING能起到重要作用!        

最全面的蛋白质互作数据库,你了解多少?

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